Crédit d’impôt Innovation (CII) : vigilance sur les fonctions support et les aides Bpifrance

Le Crédit d’Impôt Innovation (CII) continue de faire l’objet de précisions importantes, notamment en matière d’éligibilité des dépenses de personnel et du traitement des aides accordées à taux préférentiel.

Instauré par la loi de finances 2013 et codifié à l’article 244 quater B-II-k du CGI, le CII vise à soutenir les PME qui engagent des dépenses pour la conception de prototypes ou de nouvelles installations pilotes.

Depuis le 1ᵉʳ janvier 2025, le taux du crédit d’impôt est fixé à 20 % pour les dépenses éligibles, contre 30 % auparavant, pour la métropole. En outre, le dispositif a été prorogé jusqu’au 31 décembre 2027.

Mais une récente décision fiscale rappelle deux points essentiels pour sécuriser un bénéfice réel du dispositif :

• seules les rémunérations des salariés « directement et exclusivement » affectés à l’innovation (i.e. la conception technique du prototype / de l’installation) peuvent être retenues. Les fonctions dites « support », marketing, commercial, gestion, pilotage, ne suffisent pas.

• les aides publiques, y compris les prêts à taux préférentiel accordés par Bpifrance, doivent être intégralement déduites de la base éligible du CII, dès lors qu’elles financent le projet innovant, même si ces aides ne sont pas formellement qualifiées de “subvention”.

Autrement dit, si une entreprise a obtenu un prêt “innovation-R&D” de Bpifrance à un taux très avantageux, celui-ci peut être assimilé à une aide publique et venir réduire l’assiette du CII.

Ce qu’il faut retenir : pour éviter une remise en cause du crédit d’impôt au moment de la restitution, voire un rejet complet, les PME doivent documenter très précisément la nature des dépenses retenues (personnel technique vs support), et retrancher du montant déclaré toute aide publique ou prêt aidé accordé pour le projet.