Instauré par la loi de finances 2013 et codifié à l’article 244 quater B-II-k du CGI, le CII vise à soutenir les PME qui engagent des dépenses pour la conception de prototypes ou de nouvelles installations pilotes.

Depuis le 1ᵉʳ janvier 2025, le taux du crédit d’impôt est fixé à 20 % pour les dépenses éligibles, contre 30 % auparavant, pour la métropole. En outre, le dispositif a été prorogé jusqu’au 31 décembre 2027.

Mais une récente décision fiscale rappelle deux points essentiels pour sécuriser un bénéfice réel du dispositif :

• seules les rémunérations des salariés « directement et exclusivement » affectés à l’innovation (i.e. la conception technique du prototype / de l’installation) peuvent être retenues. Les fonctions dites « support », marketing, commercial, gestion, pilotage, ne suffisent pas.

• les aides publiques, y compris les prêts à taux préférentiel accordés par Bpifrance, doivent être intégralement déduites de la base éligible du CII, dès lors qu’elles financent le projet innovant, même si ces aides ne sont pas formellement qualifiées de “subvention”.

Autrement dit, si une entreprise a obtenu un prêt “innovation-R&D” de Bpifrance à un taux très avantageux, celui-ci peut être assimilé à une aide publique et venir réduire l’assiette du CII.

Ce qu’il faut retenir : pour éviter une remise en cause du crédit d’impôt au moment de la restitution, voire un rejet complet, les PME doivent documenter très précisément la nature des dépenses retenues (personnel technique vs support), et retrancher du montant déclaré toute aide publique ou prêt aidé accordé pour le projet.

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Jusqu’à présent fixé à 20 % des charges fiscalement déductibles, ce taux serait porté à 25 %. Cette évolution vise à cibler davantage le dispositif sur les entreprises présentant un effort significatif en matière d’innovation.

Un dispositif emblématique de soutien à l’innovation

Créé en 2004, le statut JEI permet aux jeunes entreprises de bénéficier d’un allègement de cotisations sociales et d’un avantage fiscal sur les bénéfices, à condition qu’elles investissent une part substantielle de leurs dépenses dans la R&D.

Ce statut constitue un levier majeur de compétitivité pour les startups technologiques et les PME innovantes, en facilitant le recrutement de talents scientifiques et techniques.

Une mesure de recentrage

Le relèvement du seuil à 25 % s’inscrit dans une logique de rationalisation des dépenses publiques et de meilleure allocation des soutiens à l’innovation.
L’objectif affiché est de mieux distinguer les entreprises réellement tournées vers la recherche et le développement de celles dont l’activité innovante reste marginale.

Impacts attendus pour les entreprises

Cette mesure pourrait restreindre l’accès au statut JEI pour certaines structures en phase d’amorçage, notamment dans les secteurs où les dépenses de R&D sont plus diffuses (services, numérique, etc.).

En revanche, elle renforcerait la valorisation des projets à forte intensité scientifique ou technologique, consolidant le positionnement du dispositif comme outil de soutien à l’innovation de rupture.

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Dans sa volonté de renforcer la lutte contre la fraude fiscale, le juge de l’impôt vient de confirmer une position importante : le délai de reprise exceptionnel de dix ans peut s’appliquer dès lors que les omissions fiscales sont révélées par une enquête préliminaire ou de flagrance, sans qu’il soit nécessaire d’attendre l’ouverture d’une instance judiciaire.

Le cadre juridique

En matière d’impôt sur le revenu, le droit de reprise de l’administration fiscale est en principe limité à trois ans (article L.169 du LPF).

Cependant, l’article L.188 C du LPF prévoit une exception : même après expiration de ce délai, l’administration peut rectifier des omissions ou insuffisances d’imposition révélées par une procédure judiciaire ou contentieuse, et ce jusqu’à la fin de la dixième année suivant celle au titre de laquelle l’imposition est due.

Depuis la loi de finances rectificative pour 2015 (art. 92), ce dispositif a été élargi pour inclure explicitement les enquêtes préliminaires, enquêtes de flagrance ou examens de poursuites par le parquet.

Les faits de l’affaire

Un dirigeant d’entreprise, M. B., avait mis en place durant près de vingt ans un système de commissions occultes versées en espèces par des fournisseurs étrangers. Ces sommes, conservées à son domicile, n’étaient pas déclarées à l’administration fiscale.

Le stratagème a été découvert en février 2016, dans le cadre d’une enquête de flagrance menée par la gendarmerie. Les procès-verbaux recueillis ont révélé des paiements en espèces et permis à l’administration de requalifier ces sommes en revenus distribués imposables (article 111-c du CGI).

Sur cette base, des redressements ont été notifiés pour les années 2009 à 2015. Pour 2012 et 2013, normalement prescrites, l’administration s’est appuyée sur le délai de reprise de dix ans prévu par l’article L.188 C.

La contestation

Devant le juge, le contribuable soutenait que :

• seule l’ouverture d’une véritable instance judiciaire pouvait déclencher le délai de reprise décennal ;

• une simple enquête préliminaire ou de flagrance ne suffisait pas.

Le Conseil d’État a rejeté cet argument, confirmant que le législateur avait expressément entendu inclure ces procédures dès la réforme de 2015.

La décision du Conseil d’État

La Haute Juridiction a validé l’application du délai de reprise étendu dans ce cas précis. Elle rappelle que la révélation d’omissions fiscales lors d’une enquête de flagrance suffit à déclencher le délai de dix ans, même en l’absence d’instance pénale formellement ouverte.

À retenir

• Le délai de reprise normal en matière d’IR reste de 3 ans.

• En cas de fraude révélée par une procédure judiciaire ou contentieuse, ce délai peut être porté à 10 ans.

• Depuis 2015, ce régime couvre explicitement les enquêtes préliminaires et de flagrance.

• Les dirigeants et contribuables doivent donc être conscients que des omissions peuvent être redressées sur une période bien plus longue que le délai usuel.

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Crédit d’Impôt Recherche, Innovation et Collaboration : les précisions de Bercy après la Loi de Finances 2025

La Loi de Finances pour 2025 est venue modifier plusieurs dispositifs phares du soutien à la recherche et à l’innovation en entreprise : le Crédit d’Impôt Recherche (CIR), le Crédit d’Impôt Innovation (CII) et le Crédit d’Impôt Collaboration de Recherche (CICo).
Afin de faciliter la mise en œuvre de ces nouvelles dispositions, Bercy a publié un commentaire officiel qui précise les modalités d’application et apporte des réponses aux interrogations des entreprises.

1. Le Crédit d’Impôt Recherche (CIR)

Le CIR demeure l’instrument central de la politique publique en faveur de la recherche privée. Les évolutions introduites en 2025 concernent principalement la prise en compte des dépenses de sous-traitance.
Désormais, la distinction entre organismes agréés et non agréés est renforcée, et les modalités de justification des travaux sous-traités sont mieux encadrées. L’administration rappelle que seules les dépenses confiées à des prestataires dûment agréés peuvent être retenues, sauf cas particuliers expressément visés par la loi.

Par ailleurs, des précisions sont apportées sur le calcul des dépenses de personnel affectées aux opérations de recherche, ainsi que sur les frais de fonctionnement qui leur sont associés. L’assiette du crédit est ainsi mieux sécurisée, notamment en ce qui concerne la valorisation du temps consacré par les chercheurs et techniciens.
Consulter le texte officiel sur Légifrance
Voir le commentaire au BOFiP

2. Le Crédit d’Impôt Innovation (CII)

Le CII, réservé aux PME, bénéficie également d’éclaircissements importants. Les dépenses éligibles sont précisées, notamment celles relatives à la conception de prototypes ou à la mise au point de nouveaux procédés de design. Ces travaux doivent présenter un caractère original et ne pas se limiter à de simples adaptations techniques.

L’administration insiste également sur la documentation attendue de la part des entreprises pour démontrer la réalité et l’ampleur de l’innovation. Cette exigence vise à sécuriser l’utilisation du dispositif et à limiter les divergences d’interprétation lors des contrôles fiscaux.
Texte de référence sur Légifrance

3. Le Crédit d’Impôt Collaboration de Recherche (CICo)

Le CICo, qui a été créé pour encourager les partenariats entre entreprises et organismes publics de recherche, fait aussi l’objet de commentaires détaillés. Le texte précise notamment les conditions de contractualisation des collaborations, la nature des dépenses qui peuvent être intégrées dans l’assiette et les modalités de justification de ces dépenses.

Bercy rappelle que l’objectif du dispositif est de stimuler la coopération effective, et non de financer de simples prestations externalisées. Les contrats doivent donc être suffisamment précis pour démontrer que la collaboration implique un apport scientifique ou technologique significatif de la part des partenaires académiques.
Consulter le BOFiP sur le CICo

4. La jurisprudence récente

Les commentaires officiels s’appuient également sur plusieurs décisions de jurisprudence qui viennent préciser le périmètre de la recherche et de l’innovation au sens fiscal. Certaines décisions récentes clarifient par exemple la frontière entre recherche fondamentale et développement expérimental, ou encore la manière dont doivent être appréciées les dépenses confiées à des sous-traitants.

Ces jurisprudences constituent un cadre de référence utile pour les entreprises, car elles permettent d’anticiper les points de vigilance en cas de contrôle. Elles rappellent également l’importance d’une documentation technique et financière solide pour sécuriser les demandes de crédit d’impôt.
Accéder à la jurisprudence sur Légifrance

En conclusion

Les précisions apportées par Bercy à la suite de la Loi de Finances pour 2025 permettent de mieux encadrer l’application du CIR, du CII et du CICo. Elles visent à offrir aux entreprises une plus grande sécurité juridique dans l’utilisation de ces dispositifs, tout en renforçant la cohérence des pratiques administratives et la transparence des déclarations.

Pour aller plus loin :

• Loi de Finances 2025 sur Légifrance
• Commentaires officiels au BOFiP
• Décisions de jurisprudence sur Légifrance

Voulez-vous que je vous prépare aussi une introduction plus pédagogique (par exemple un encadré expliquant rapidement ce que sont le CIR, le CII et le CICo pour un public moins averti), ou préférez-vous garder l’article sous une forme directement experte/juridique ?

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